在日本留学租房时，支付费用的方式和金额如下：
房租通常按月支付，一般需要在月底前预付下个月的房租。具体金额根据房屋所在地、面积、设备等因素不同，东京等繁华地区的租金较高，而郊外相对便宜。
如果提前入住，则需要支付本月剩余日期的租金以及下一个月的租金。
押金是租房人支付给房东的保证金，用于保证房租按时支付和房屋在退租时没有损坏。押金数额一般为1至2个月的房租，具体金额视房屋地段和质量而定。
退房时，房东会从押金中扣除清洁费、维修费等费用。
礼金是日本传统的租房习惯，相当于1至2个月的房租，用于感谢房东愿意将房子租给自己。礼金在退房时不会退还。
中介费是支付给房产中介的费用，一般为半个月或一个月的房租。
管理费包括物业费、垃圾清扫费等，一般由所有住户共同承担。具体费用根据房屋具体情况确定。
火灾保险是必须购买的，费用一般为每年2万日元左右。
为了新租户的安全，租房时门锁必须更换，这笔费用需由租客自己承担。
为了防止欠租或突发事件，租房一般需要提供保证人。保证人费用一般为1至2个月的房租。
建议
提前规划：在租房前，了解清楚所有费用，并规划好资金，确保能够按时支付。
选择信誉良好的中介：通过可靠的中介机构寻找房源，避免遇到不必要的麻烦。
仔细阅读合同：在签订租房合同时，仔细阅读合同条款，确保自己明白所有费用及支付方式。
保留相关凭证：在支付各项费用时，保留好相关凭证，以便在退房时核对和扣除。
以上信息可以帮助你更好地了解在日本留学租房的支付方式和费用，确保租房过程顺利。