要让协议作废，可以采取以下几种方式：
当事人协商一致：双方当事人可以通过协商，一致决定解除合同来使协议作废。这是最常见的作废方式，需要双方共同签署书面解除协议。
约定解除事由：在签订协议时，双方可以约定一些特定情形，当这些情形发生时，协议即被作废。例如，可以约定一方违约时协议作废。
不可抗力：因不可抗力因素导致合同目的无法实现，合同可以被作废。例如，自然灾害、战争等不可抗力事件。
一方违约：一方明确表示或以行为表明不履行主要义务，另一方有权解除合同。
其他法定情形：法律规定的其他解除情形，如合同无效、被撤销等。
起诉或仲裁：在某些情况下，当事人可以通过起诉或申请仲裁来解除合同。例如，在出现重大误解、欺诈、胁迫等情形时，当事人可以在法定期限内行使撤销权。
税务协议作废：对于税务相关的协议，如三方协议，可以通过登录电子税局，在相关功能菜单中选择“作废”来作废协议。
销毁合同原件：将合同原件全部收齐，在合同签约各方的共同监督下销毁。这种方式比较彻底，但需要各方配合。
签订书面解除协议：双方可以签订一份书面解除协议，明确约定原合同作废，并对未履行和已履行的部分做出妥善处理安排。双方签字后，原合同即失去法律效力。
建议
协商一致：最理想的作废方式是双方协商一致，这样可以避免后续纠纷。
书面协议：无论采取何种方式作废，都应确保有书面协议作为依据，以便日后处理纠纷。
法律咨询：在作废协议前，建议咨询专业律师，确保作废过程合法合规。
以上方法均需根据实际情况选择，以确保协议作废的合法性和有效性。