股东撤股的清算流程主要包括以下几个步骤：
股东需要先进行申报，然后由清算组调查公司的财产状况，包括债权、债务等，并编制公司资产负债表、财产清单以及债权、债务目录。
清算组根据调查结果编制公司财务的会计报告后，应制订相应的清算方案，对债权和清偿债务的收取做出具体安排。
清算方案需要经过股东会议的确认或相关部门的批准。如果是股份公司，则需要提交股东大会通过；有限责任公司则需提交股东会通过。对于因违法而破产或解散的公司，清算方案还需经过其主管机关的确认。
如果在制作清算财务报表时发现公司存在尚未偿还的债务，且公司无能力偿还，清算组应立即向当地管辖的人民法院申请宣告破产。
股东可以通过股权转让的方式退出，将股权交由其他新进股东接手。这种方式无需进行公司清算，只需原股东与新入驻股东签署《股权转让协议》。
另一种方式是通过减少注册资金的方式拿回股本，但这需要经过公司章程的约定和其他股东的同意，且程序较为繁琐。