查询日本签证被拒的原因，可以尝试以下几种方法：
可以联系日本签证中心，提供你的签证申请编号和相关信息，他们可能会帮助你查询拒签的具体原因。
也可以尝试联系日本驻你所在国家的大使馆，询问关于你签证申请被拒的具体原因。不过，通常大使馆不会提供明确的书面答复，可能会有一些暗示或建议。
如果你有聘请律师协助办理签证申请，可以联系你的律师，提供更多的证明文件，律师可能会帮助你了解拒签的具体原因。
通常在拒签后，你会收到一份拒签回执单，上面会有一些简单说明。如果回执单上没有明确说明，可以尝试打电话到入管局咨询。
如果以上方法都无法获取明确的原因，可以直接前往日本入管局咨询。入管局通常会有专门的人员接待，并会帮助你解答拒签的原因，同时可能会给出一些建议。
根据一些常见的拒签原因，如申请资格材料不足或不符合规定、申请人工作能力、财力、背景等方面不符合规定、材料错误或不真实等，可以自我检查并准备相应的补充材料。
拒签通常分为几种类型，如入国管理局在留资格认定申请被拒签、驻外使领馆签证申请被拒签等。不同类型的拒签对未来签证申请的影响不同，了解这些可以帮助你更好地调整申请策略。
通过以上方法，你应该能够获取到关于日本签证被拒原因的详细信息，并据此采取相应的措施进行改进和重新申请。