微店被关闭的原因主要有以下几点：
金融风险防范：由于微店涉及大量技术整改问题，监管部门开始约谈电商，包括微店。微信支付因此封停了微店接口，以防范金融风险。
监管诉求：微信支付封杀微店支付端口，是为了承压于监管诉求，协助肃清二清，打击套现或洗钱的行为。
技术问题：微店在过去的3个月里整改工作推进迟缓，导致被微信支付封停接口。
违法采集个人信息：国家网络安全通报中心微信公众号发文表示，公安机关开展App违法采集个人信息集中整治，微店APP因此被下架整改。
业务升级：微店官方服务号曾称，因业务调整，微信支付接口暂停使用，业务升级完成后即可恢复。
综上所述，微店被关闭的原因主要包括监管风险、技术整改、违法违规以及业务调整等多方面因素。这些因素共同作用，导致微店在不同程度上受到了影响。