违章确权的负责部门主要是 土地管理部门。具体来说，土地管理部门是依法主管土地保护、开发、利用统一管理工作的政府职能部门，负责全国土地的调查、统计、登记和发证工作。在违章建筑的确权过程中，土地管理部门负责收集申报材料，上交土地管理部门进行审核，并根据具体情况和相关法规进行判定。
此外，违章建筑的认定工作也可以由城乡规划主管部门负责，该部门负责监管城乡建设，对违章建筑有认定和处理权。
综合以上信息，可以得出结论：违章确权的负责部门主要是土地管理部门，具体工作可能涉及土地管理部门和城乡规划主管部门。建议您在处理违章建筑确权问题时，咨询当地的土地管理部门或城乡规划主管部门以获取更准确的指导。