在南京，您可以通过以下几种方式处理交通违章扣分：
您可以到车辆所在地的交警队或者车管所窗口处理违章。
如果您的驾驶证和车辆已经绑定，您可以通过手机上的“交管12123”应用程序自助处理违章。
在许多地方，您也可以使用自助处理机进行违章处理，但请注意您需要有一定的分数才能使用这些机器。
您还可以通过“交通安全综合服务管理平台”在线处理违章。
如果没有扣分，您可以直接通过自助缴费机或网上缴纳罚款。
处理违章时，请确保携带必要的文件，如身份证、驾驶证和车辆所有证。处理点包括南京市车管所、南京市交管局等多个地点，具体地址和服务时间请参考官方信息。