车辆超限问题由交通运输管理部门负责。根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》，交通运输部负责全国超限运输车辆行驶公路的管理工作，而县级以上地方人民政府交通运输主管部门则负责本行政区域内超限运输车辆行驶公路的管理工作。公路管理机构具体承担超限运输车辆行驶公路的监督管理。同时，公安机关交通管理部门依据《道路交通安全法》对超限超载行为实施处罚。
