工作补贴的扣税方式主要取决于补贴的性质及其发放方式，以下是具体的扣税规则：
如果单位以现金方式给出差人员发放交通费、餐费补贴，这些补贴应并入当月工资薪金计征个人所得税。
如果单位是根据国家有关标准，凭出差人员实际发生的交通费、餐费发票作为公司费用予以报销，那么这部分补贴可以作为公司费用，不计征个人所得税。
如果所在地规定了通讯费免税标准，标准之内不计征个人所得税；如果未规定，单位发放的通讯费补贴应计征个人所得税。
企业支付给员工的补助、补贴、津贴应计入工资薪金总额，可以税前扣除的合理的工资、薪金应根据企业相关制度确定，不需要发票扣除。
企业福利性补贴支出税前扣除问题列入企业员工工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放的福利性补贴，符合相关规定的，可作为企业发生的工资薪金支出，按规定在税前扣除。
解除劳动合同补贴的工资按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照有关规定，计算征收个人所得税。
建议
对于以现金方式发放的补贴，应严格按照个人所得税法规定计入当月工资薪金计征个人所得税。
对于凭发票报销的补贴，可以作为公司费用在税前扣除，不计征个人所得税。
对于通讯费补贴，需要参照当地规定的免税标准，未规定标准的需计征个人所得税。
企业在制定工资薪金制度时，应明确补助、补贴、津贴的税前扣除规则，以确保合规操作。
希望以上信息对您有所帮助。如有更多具体问题或需要详细咨询，建议咨询专业的税务顾问或当地税务机关。