预付款保函的退还时间主要依据合同中的具体条款。以下是几种常见情况下的预付款保函退还时间：
发包人应在预付款扣完后的14天内将预付款保函退还给承包人。
如果保函中有规定“无论退还与否，保函到期后自动失效...”，则即使对方没有退回保函，也不会承担任何风险。
合同约定的有效截止时间一般为工程建设合同约定的工程竣工验收合格之日后30天至180天。当施工方在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。
当基础合同履行完毕时，履约保函便可退回。对于投标保函，如果投标人未中标，招标人会在确定中标人后的一定时间内退还投标保函。
综上所述，预付款保函的退还时间主要取决于合同约定和具体情况。一般情况下，预付款保函会在预付款扣完后的14天内退还，但如果合同中有其他约定，则按照约定执行。建议在签订合同时，明确约定预付款保函的退还时间和相关条款，以避免后续纠纷。