办厂最怕查的问题主要集中在以下几个方面：
个体工商户的服装厂如果选择租金较便宜的地方，可能存在三合一或二合一的消防安全隐患，容易被税务局查出问题并面临补税和罚款。
缺乏自主商标，使用市场上购买的商标容易涉及侵权问题，这是工商局重点查处的内容。
消防安全是工厂必须重视的问题，三合一或二合一的厂房通常消防安全不过关，容易被查出问题。
化工厂等特定行业最怕环保局的检查，因为环保问题如废气、废水排放等一旦被发现，将面临严重的罚款甚至被整顿、关闭的风险。
工厂如果存在未按《劳动合同法》《劳动法》等法律法规进行活动的情况，如拖欠工资、非法用工等，会害怕劳动局的检查。
这些部门对化工厂等特定行业也有监管职能，尤其是环保和安全问题。
综上所述，办厂最怕查的问题涉及税务、工商、消防、环保和劳动等多个方面。建议工厂在运营过程中要严格遵守相关法律法规，确保合法合规经营，以减少被检查的风险。