工程行业拖欠工资的原因是多方面的，以下是一些主要原因：
工程项目违法分包、层层转包、挂靠承包、垫资施工和拖欠工程款等问题大量存在。
无用工主体资格的“包工头”带队伍参加施工的现象普遍，导致建设单位与农民工之间形成很长的“债务链”，工资支付的责任主体难以落实。
施工企业普遍采取平时只给农民工发基本生活费，工程竣工后或春节前结清工资的做法，将农民工工资与工程款捆绑在一起，一旦工程款不到位极易导致欠薪。
农民工劳动合同签订率低、流动性大，使农民工在追讨工资时往往缺乏证据。
当前一些劳动密集型加工制造业、煤炭等行业的企业生产经营遇到困难，逐步成为新的欠薪风险源。
工资保证金等制度执行刚性不足，发挥作用不到位。
企业拖欠工资的违法成本过低，最高罚款不超过2万元，与用人单位动辄数百万甚至上千万的拖欠工资数额相比，不足以起到震慑作用。
垫资施工已成为建筑行业最常见的开发手段，劳务分包公司通常会预先垫付农民工工资。
由于层层垫资、层层赊账，等到项目进入尾声的时候，工程款与农民工工资混为一谈，最终导致农民工成为“牺牲品”。
农民工求职心切，不知道在受雇用的时候要和老板签订书面的合同，因此常常是以口头的形式和老板约定。
法律执行力度不够，农民工不敢也不懂如何保护自己的合法权益。
一些建筑施工企业不与农民工签订书面合同，而是要求农民工与项目部、包工头签订劳务承包协议，而包工头与农民工之间多为“口头协议”。
在兑现工资时，不少建筑施工企业将工资按劳务协议付给“包工头”，不直接支付给农民工，而“包工头”不按月支付农民工工资，采取每月只发给一定的生活费，余款年底结清。
建筑市场竞争激烈，造成市场混乱，管理极不规范。
“债务链”现象严重，农民工是债务链的最末端，层层拖欠使农民工成为最终受害者。
综上所述，工程行业拖欠工资的原因是多方面的，涉及市场、用工、法律、资金和管理等多个环节。要解决这一问题，需要从完善法律制度、加强市场监管、规范用工管理、提高农民工维权意识等多方面入手。